Universitas Diponegoro merupakan salah satu perguruan tinggi terkemuka di Indonesia yang menerapkan strategi pengembangan sejalan dengan paradigma baru pendidikan tinggi yang digariskan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Paradigma ini mengandung elemen-elemen antara lain: otonomi, evaluasi, akreditasi dan akuntabilitas. Selain itu pengembangan UNDIP juga disesuaikan dengan High Education Long Term Strategy (HELTS 2003-2010 DIKTI) yakni: meningkatkan daya saing bangsa, kesehatan organisasi, dan desentralisasi/otonomi.

Sejak tahun 1993, upaya pengembangan program studi secara intensif telah dilakukan oleh UNDIP. Upaya pengembangan tersebut diantaranya dilakukan melalui pengusulan dana hibah kompetisi. Hampir seluruh program studi sampai dengan saat ini telah memperoleh dana kompetitif untuk pengembangan program studi dan jurusan, seperti: Que Project Batch III (Fakultas Kedokteran), Due-Like (PS Ilmu kelautan, PS Manajemen Sumberdaya Perairan, dan PS Teknik Elektro), Technological Professional Skills Development Project (TPSDP) Batch I (PS Teknik Sipil), TPSDP Batch II (PS Akuntansi) TPSDP Batch III ( PS Teknik Kimia), Semi Que Batch IV (PS Nutrisi dan Makanan Ternak, Kimia MIPA, Sejarah, Teknik Industri), Semi Que Batch V (D-3 Kearsipan, Manajemen Usaha Peternakan), Hibah Kompetisi A1 (Jurusan Teknil Lingkungan), A2 (Teknik Mesin, Biologi, Matematika, Fisika, PWK, Hukum), dan A3 (Nutrisi dan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan). Program Due-like, TPSDP Batch I dan II, Semi Que Batch V dan Hibah Kompetisi A1, A2, dan A3 sampai dengan saat ini masih diimplementasikan dan belum selesai.
Visi UNDIP adalah: Pada tahun 2020, UNDIP merupakan Universitas Riset yang unggul

Untuk mencapai visi tersebut, maka UNDIP menetapkan misinya yang mencakup Tri Dharma Perguruan Tinggi, dengan memperhatikan paradigma baru pendidikan Tinggi. Maka Misi UNDIP adalah sebagai berikut:

1. Meningkatkan kualitas dan kuantitas pendidikan sehingga menghasilkan lulusan yang mempunyai keunggulan kompetitif, komparatif secara internasional dan berkontribusi pada pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni
2. Meningkatkan kualitas dan kuantitas penelitian dan publikasi serta kepemilikan Hak Atas Kekayaan Intelektual sebagai upaya pengembangan ilmu, teknologi dan seni dengan mengedepankan budaya dan sumber daya lokal
3. Meningkatkan kualitas dan kuantitas pengabdian kepada masyarakat sebagai upaya penerapan dan pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni
4. Meningkatkan profesionalitas, kapabilitas, akuntabilitas dan tata kelola serta kemandirian penyelenggaraan perguruan tinggi.